A variante Ômicron do coronavírus sofreu tantas mutações que um dos fatores que levaram à sua descoberta na África do Sul foi a incapacidade de testes diagnósticos detectarem o trecho do material genético que codifica a proteína spike, responsável pela entrada do patógeno na célula.
A história da descoberta da nova linhagem do Sars-CoV-2, que transcorreu por um período de 20 dias, foi recontada nesta semana numa reportagem do canal de TV sulafricano News24, que revelou como as primeiras amostras de infectados recolhidos na cidade de Pretoria geraram suspeita da emergência de uma nova variante, no início de novembro passado, até seu anúncio no final do mês.
A descoberta inicial foi feita por Alicia Vermeulen, cientista em uma rede privada de testes diagnósticos, a Lancet Laboratories, que desconfiou da ausência do gene da spike em algumas amostras. Os exames genéticos comuns para coronavírus não sequenciam o genoma inteiro do patógeno, e escolhem alguns trechos essenciais para tornar mais prático o processo de detecção. Como um desses trechos estava faltando em oito amostras que ela recebera (a primeira delas em 4 de novembro), ela decidiu encaminhar o material para análise completa em outras instalações da empresa.
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Segundo a agência de notícias Reuters, quem analisou a sequência do vírus no Lancet foi Raquel Viana, diretora científica da empresa. Nas oito amostras sequenciadas em 19 de novembro, o vírus apresentava tantas mutações na proteína spike que ela achou que se tratasse de um erro.
As sequencias então foram enviadas para uma instituição pública da África do Sul, o Instituto Nacional de Doenças Transmissíveis (NICD), liderado pelo cientista Túlio de Oliveira, que fez um sequenciamento independente das amostras, no fim de semana dos dias 21 e 22. O resultado foi o mesmo, e a desconfiança de que o vírus nas amostras se tratava de uma variante preocupante foi logo reforçada por dados sobre o aumento no número de casos de Covid-19 na região de Pretoria naquela semana.
Segundo a agência de notícias Bloomberg, a má notícia foi comunicada para o Departamento de Saúde da África do Sul no dia 24, e os dados do sequenciamento genético do vírus foram depositados no mesmo dia na rede GISAID, que monitora variantes. No mesmo dia, cientistas de outros países já apontaram preocupação, e no dia 25 a emergência da Ômicron foi anunciada ao público pelo governo sul-africano.
O fato de o vírus ter sido detectado em Pretoria não significa, dizem cientistas, que o vírus emergiu na África do Sul. Como o país herdava uma tradição científica de biologia molecular por conta de pesquisas com HIV e e tuberculose, possuía infraestrutura de vigilância e sequenciamento para uma descoberta relativamente rápida da nova variante.
Segundo autoridades sanitárias do país, os primeiros casos, detectados em pacientes mais jovens, não provocaram doença grave ou morte. Tudo leva a crer, porém, que a variante é mesmo mais transmissível e foi responsável pela elevação recente no número de casos de Covid-19 no país. Um esforço coletivo está sendo realizado agora para avaliar se a linhagem do vírus é mais agressiva, se pode escapar da imunidade gerada pelas vacinas e se é mais grave em pacientes mais velhos.